Фамилия Дубаненко — характерный пример восточнославянской фамилии, образованной по патронимической модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, означающий «маленький» или «сын», особенно распространён в украинской ономастике и указывает на происхождение носителя с территории современной Украины или южных областей России. Дубаненко — буквально «сын Дубана» или «потомок Дубана».

Основа фамилии — прозвище Дубан. В его основе лежит слово «дуб». Прозвище могли дать человеку по разным причинам: за крепкое здоровье, упрямство, медлительность или физическую силу, сравнимую с могучим деревом. В народной традиции дуб — символ мощи, долголетия и стойкости, поэтому прозвище Дубан могло быть скорее уважительным, чем обидным.

Существует и другая, менее распространённая версия. В некоторых говорах «дубан» — это вид дубины, тяжёлой палки. В таком случае прозвище могло закрепиться за человеком, который постоянно носил с собой дубину, либо за мастером, изготавливавшим такие предметы. Однако первая версия — от сравнения с дубом — выглядит более правдоподобной, так как прозвища по внешним или характерным чертам встречаются чаще, чем прозвища по орудиям труда.

Географически фамилия Дубаненко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине, Черкащине и Сумщине. В переписях XIX века носители этой фамилии чаще всего числились казаками или крестьянами. Суффикс -енко указывает на то, что фамилия сформировалась сравнительно поздно, примерно в XVII–XVIII веках, когда патронимическая модель стала массовой.

Если сравнивать Дубаненко с однокоренными фамилиями, то интересно, что Дубан и Дубаненко — это разные ступени словообразования. Дубан — это само прозвище, которое могло стать фамилией без суффикса (такие фамилии встречаются реже). Дубаненко — уже фамилия второго порядка, производная от прозвища. Редкий суффикс -ан в основе (Дуб-ан) тоже заслуживает внимания: он характерен для украинских и польских прозвищ, часто придаёт слову оттенок просторечия или уменьшительности, как в словах «голован» (большеголовый) или «ухан» (тот, кто ухает). Таким образом, Дубан — это человек, которого выделили по ассоциации с дубом, а Дубаненко — его потомок.