Фамилия Дудишин образована по одной из самых распространённых в украинской и белорусской ономастике моделей — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Дудишин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Дудиша. В отличие от русской модели -ин (где основа часто кончается на -а/-я), в украинской и белорусской традиции этот суффикс мог присоединяться и к основам на согласный, но в данном случае основа как раз оканчивается на -а.

В основе лежит прозвище Дудиша. Оно, в свою очередь, восходит к слову «дуда» — старинному народному духовому инструменту, разновидности волынки или дудки. Прозвище Дуда или Дудиша могли дать музыканту, игравшему на дудке, либо человеку с характерной внешностью или манерой речи (например, тому, кто постоянно напевал или говорил гнусаво, напоминая звук дуды). В некоторых говорах «дудой» называли болтливого или рассеянного человека.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с личным именем Давид — в его уменьшительной форме Дудик или Дуда. В таком случае Дудиша — это народный вариант того же имени, а Дудишин — «Давидов сын». Однако прозвищное происхождение от названия музыкального инструмента выглядит убедительнее: фамилии от названий профессий и инструментов встречаются в разы чаще, чем от редких диалектных форм канонических имён.

Фамилия характерна для западноукраинских и белорусских земель. Встречается в документах XVII-XVIII веков на Волыни и в Галиции, где фамилии на -ин нередко фиксировались у казаков и мещан. Дворянского статуса у этой фамилии, как правило, не было — большинство носителей относились к крестьянскому или ремесленному сословию. Сравните с однокоренными фамилиями: Дудин, Дуда, Дудик, Дудкин — все они идут от того же корня, но с разными суффиксами. Дудишин выделяется именно редким уменьшительным форматом «Дудиша», который в современном языке почти не употребляется.