Фамилия Дудутис — хороший пример того, как географическое положение предка напрямую диктует форму фамилии. Это не русская фамилия в классическом понимании, а литовская или жемайтийская, образованная по типичной для балтийских языков модели. Суффикс -ис (в латышском варианте -с) в фамилиях означает «сын такого-то» или просто указывает на принадлежность. Так что перед нами типичная литовская фамилия на -utis, где корень — Дудут-.

Вероятнее всего, в основе лежит литовское слово «dūda» — дудка, волынка или любая духовой инструмент. Соответственно, Дудутис — это «сын дудочника» или попросту «дударь». Первый носитель фамилии, скорее всего, был музыкантом, играл на народных инструментах, пастухом, который развлекал себя игрой на дудке, или же получил прозвище за громкий голос или привычку насвистывать. В литовской ономастике фамилии от названий музыкальных инструментов не редкость, и Дудутис вписывается в этот ряд.

Интересно, что в русском языке фамилия могла подвергнуться русификации. Если носитель переезжал в центральные губернии Российской империи, окончание -ис могли отбросить или заменить на -ов, получив фамилию Дудутов. Однако первоначальная форма сохранилась у тех, кто остался в пределах исторической Литвы или Жемайтии. Встречается фамилия и в современной Литве, и в западных регионах Беларуси, где исторически жили литовцы.

Других версий происхождения, заслуживающих внимания, нет. Пытаться вывести корень из славянского «дудеть» (издавать гудящий звук) можно, но это будет лишь калька: литовское dūda и русское «дуда» — родственные слова из одной индоевропейской основы, и фамилия всё равно указывает на того же музыканта.