Фамилия Дуэнко — редкий и интересный пример, в котором украинская модель словообразования накладывается на корень, нехарактерный для славянских языков. Если большинство фамилий на -ко образовано от прозвищ или имен (Шевченко, Коваленко), то здесь основа «Дуэн-» сразу настораживает: она не славянская.

Самая вероятная версия — западноукраинское или польское происхождение от корня «дуэн» (duen), который в диалектах мог означать «должник» или «обязанный». В польском языке есть слово «dłużnik», но в разговорной речи и в старых документах встречались стяженные формы. Однако более правдоподобно, что перед нами фамилия-топоним. В Западной Украине и в Польше есть несколько мелких населенных пунктов с названием Дуэны или Дуэн (например, Дуэн в Малопольском воеводстве). Житель такого места получал прозвище Дуэн, а его потомок — фамилию Дуэнко, то есть «сын Дуэна».

Суффикс -ко в украинской ономастике выполняет две функции: уменьшительную (как в «батько») и патронимическую (указывает на происхождение). В фамилиях он закрепился в XVI–XVII веках в среде казачества и мещан. Дуэнко, скорее всего, не дворянская фамилия, а крестьянская или казацкая, что подтверждается её отсутствием в списках польской шляхты и русских родословных книг.

Встречается фамилия в основном на западе Украины (Волынская, Ровенская области) и в соседней Беларуси. В России единичные носители — результат миграции конца XIX — начала XX века. Написание с буквой «э» (Дуэнко, а не Дуенко) — орфографическая особенность, характерная для передачи звука [ɛ] после мягкого согласного в украинском языке, где «е» читается как [э].

Альтернативная, но спорная версия связывает фамилию с немецким словом «Duene» (дюна). Теоретически, переселенцы-меннониты или немецкие колонисты могли оставить след в виде прозвища, но для этого нет ни географических, ни исторических подтверждений. В любом случае, Дуэнко — фамилия, чётко указывающая на западноукраинские корни и на то, что её носители были людьми простого звания, вероятно, земледельцами или ремесленниками.