Фамилия Дукер — редкий случай, когда её происхождение почти наверняка не русское, хотя носители живут в России. В русской ономастике нет исконной основы «дук-» со значением прозвища или ремесла. Поэтому первая и главная версия — заимствование.

Скорее всего, фамилия восходит к немецкой или еврейской фамилии Ducker (Дуккер). В немецком языке ducken означает «нырять», «пригибаться». Соответственно, Duck(e)r — это «ныряльщик», а в переносном смысле — человек, который уклоняется, прячется. Фамилия могла быть профессиональным прозвищем ловца жемчуга или водолаза, но чаще — ироничным прозвищем для робкого или изворотливого человека. В среде немецких колонистов, приглашённых в Россию при Екатерине II, такие фамилии были обычны. Со временем написание могло упроститься до Дукер — без удвоенной «к», под влиянием русской графики.

Вторая версия, менее вероятная, — что Дукер — это русифицированная форма английской фамилии Docker. В английском docker — «докер», портовый грузчик. Такая фамилия могла появиться у британских специалистов, работавших в российских портах в XIX веке, или у моряков, осевших в России. Но английский след в русских фамилиях встречается гораздо реже немецкого.

Наконец, есть крошечная вероятность, что фамилия образована от диалектного слова «дука» или «дук» — так в некоторых говорах называли дыню или тыкву. Тогда Дукер — это человек, торгующий бахчевыми, или прозвище по внешности (круглый, как тыква). Но эта версия держится на очень шаткой основе: ни в одном серьёзном словаре русских фамилий (Унбегаун, Никонов) такой корень не фиксируется.

Фамилия Дукер — недворянская, не княжеская. Её носители — потомки либо иностранных мастеров и ремесленников, либо еврейских переселенцев из черты оседлости, где немецкие фамилии были распространены. Встречается она в основном на юге России, Украине и в Поволжье — регионах, где исторически селили колонистов. В современной России фамилия остаётся редкой, и каждый её носитель — хранитель памяти о предке, который когда-то либо нырял за добычей, либо грузил корабли, либо просто получил шутливое прозвище в немецкой слободе.