Фамилия Духоборова — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не профессия, а вероисповедание. Она прямо указывает на принадлежность предка к религиозному течению духоборов. Самоназвание этой группы происходит от словосочетания «духоборцы»: так они называли себя в пику официальной церкви, утверждая, что «борются за дух» против внешней обрядности. Однако в XIX веке за ними закрепилось иное толкование — «борцы против Святого Духа», что давало повод для гонений.

Женская форма Духоборова образована по стандартной русской модели через суффикс -ов-: от фамилии отца Духоборов. Мужской вариант, Духоборов, — типичная «патронимическая» фамилия, то есть «сын Духобора». Но здесь важно: «Духобор» — не имя, а прозвание, которое человек получал за свою веру. Поэтому фамилия не столько наследственная, сколько фиксирующая социальный статус семьи.

Географически фамилия привязана к местам ссылок и компактного проживания духоборов. После того как в 1830–1840-х годах духоборов насильно переселяли из центральных губерний (Тамбовской, Екатеринославской) в Закавказье, фамилия Духоборова встречается среди армянских и грузинских русских — в сёлах Гореловка, Саратовка, Орловка. Позже, в конце XIX — начале XX века, часть духоборов эмигрировала в Канаду, и там фамилия тоже сохранилась, но уже в англизированной форме.

Отличие этой фамилии от однокоренных (например, Духовников или Духовский) в её прямой идеологической нагрузке. «Духовников» образовано от «духовник» — священник, а «Духовский» — от топонима или имени Духов. Духоборова же несёт память о расколе и религиозном протесте. В дореволюционных метрических книгах носителей этой фамилии часто записывали с пометкой «из духоборцев», что делало её почти официальным маркером конфессии.

В современной России фамилия редкая, её можно встретить в основном на юге страны и в Сибири — там, куда ссылали сектантов в советское время. Вопреки стереотипу, духоборы не были агрессивными «борцами»: они проповедовали пацифизм, отказ от военной службы и общинное хозяйство. Так что фамилия Духоборова скорее говорит о мирном нонконформизме предков, чем о воинственности.