Фамилия Дукнатов — редкая и с неочевидной на первый взгляд этимологией. Она образована по продуктивной модели с суффиксом -ов, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей сын?»). Основа здесь — Дукнат, а это, скорее всего, неканоническое личное имя или прозвище. Вопрос в том, что оно значило.

Самая вероятная версия связывает Дукната с тюркским или арабским словом «дукт» (дочь, девочка) или «дуккан» (магазин, лавка), но более убедительно выглядит гипотеза о происхождении от тюркского имени Духнат (Духна́т) — так в некоторых тюркских языках называли крепкого, плотного человека, увальня. В тюркских именах и прозвищах часто встречается корень «дух-/тух-» со значением «полный, сытый, здоровый». В русской среде это прозвище могли переосмыслить и адаптировать, добавив патронимический суффикс.

Менее вероятной, но допустимой выглядит версия от литовского или латышского корня, где «dukti» означает «дочь», а «dukna» — «глубокое место в реке, омут». Однако фамилия с таким окончанием (-ов) — типично восточнославянская, а не балтийская, что говорит в пользу заимствования основы из тюркских языков в XVI–XVII веках, когда контакты с татарами и башкирами были часты.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в южных регионах России и Поволжье, что косвенно подтверждает тюркский след. Носитель фамилии Дукнатов, скорее всего, потомок человека по прозвищу Дукнат — либо выходца из тюркской среды, получившего такое имя при крещении, либо русского, которого за дородность или медлительность прозвали «дукнатом». Фамилия не дворянская и не купеческая — её основа бытовая, прозвищная.