Фамилия Дукнатова — женская форма фамилии Дукнатов. В её основе лежит личное имя Дукнат, и здесь мы сталкиваемся с двумя основными версиями происхождения, которые ведут в разные культурные ареалы.

Первая версия связывает имя Дукнат с арабским корнем, где слово «дукнат» может означать «мир», «спокойствие» или «покой». Если эта гипотеза верна, то предок носителей фамилии мог получить имя, несущее пожелание мирной и безмятежной жизни.

Вторая версия указывает на возможные кавказские или центральноазиатские корни. Имя Дукнат могло возникнуть как вариант чечено-пакистанского имени Дукни. В таком случае его возводят к слову «дукъ», которое в некоторых языках региона имеет несколько значений: «ярмо» (часть упряжи), «горный хребет» или переносное «тяжесть», «бремя». Имя с таким значением могли дать ребёнку, родившемуся в трудное время, или как оберег, чтобы отвести от него настоящие жизненные тяготы.

Словообразовательная модель фамилии проста и типична для русской традиции: к основе Дукнат добавился патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Дукната). Окончание -а обозначает женскую линию рода.

Из-за редкости основы и размытой географической привязки обеих версий, точно определить, кем были первые носители фамилии по сословной принадлежности, без генеалогических изысканий невозможно. Это могла быть и семья горцев, принявшая русскую фамильную модель, и потомки человека, получившего имя от арабского слова в среде, испытавшей исламское влияние. Окончательную точку в вопросе происхождения конкретной ветви рода Дукнатовых могут поставить только архивные документы и исследования семейной истории.