Фамилия Дунгер — редкий для России пример, когда происхождение напрямую ведёт в немецкую языковую среду. В основе лежит немецкое слово Dung, которое в данном контексте означает не «навоз», как можно было бы подумать, а «возвышенность», «холм». Скорее всего, прозвище Дунгер получил человек, живший на холме или возвышенности, — такая модель образования прозвищ по месту жительства (от ландшафтного объекта) типична для немецкой ономастики.

Возможна и вторая версия: фамилия могла закрепиться за выходцем из населённого пункта, в названии которого присутствует корень Dung-. В Германии есть несколько таких топонимов, например, Дунген (Dungen) или Дунг (Dung), и переселенцы часто получали фамилию по названию родного места.

В любом случае, фамилия Дунгер указывает на конкретный географический признак — местность, где жил предок. По своему строению это типичная немецкая фамилия с суффиксом -er, который образует названия жителей (сравните: Berliner — берлинец). В русском языке она сохранила исходное звучание без адаптации под славянские суффиксы, что говорит о её относительно позднем появлении в России, скорее всего, в эпоху приглашения немецких колонистов в XVIII–XIX веках. Фамилия распространена среди потомков поволжских немцев, а также в странах Балтии, где исторически были сильны немецкие общины.