Фамилия Дуйденко — характерный случай украинской фамилии, образованной с помощью суффикса -енко. Этот суффикс в украинской ономастике выполнял роль, схожую с русскими -ов/-ев, но с оттенком патронимичности: буквально «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в основе. В данном случае основа — прозвище Дуйда или Дудько.

Самая правдоподобная версия происхождения корня «дуйд-» связана с украинским диалектным глаголом «дути» (дуть) или «дуйнути» (сильно дунуть). Прозвище Дуйда могли дать человеку с громким голосом, крикуну, либо тому, кто работал с мехами (кузнец, музыкант-дударь). В украинских говорах есть слово «дуйдик» — так называли волынку или дудку, а также человека, который на ней играет. Соответственно, Дуйденко — это «сын Дуйды», то есть потомок музыканта-дударя или просто обладателя звучного голоса.

Менее вероятна, но возможна связь с польским словом «duj» (дуй) или белорусским «дуйка» (трубка, мундштук). В любом случае, корень относится к звукоподражательной или орудийной лексике, связанной с воздухом и звуком.

Географически фамилия Дуйденко тяготеет к центральным и восточным регионам Украины. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении прозвища — возможно, в одном селе или волости. В ревизских сказках XIX века такую фамилию могли зафиксировать как «Дуйденко» или «Дуйденков», а в русских документах иногда писали через «о» — «Дойденко», что искажало исходное произношение.

Социальный контекст прост: носители фамилии — почти наверняка казацкого или крестьянского происхождения. Суффикс -енко в малороссийских губерниях был массовым именно среди свободного сельского населения, а не шляхты. Никаких дворянских корней у этой фамилии нет — это «народная» фамилия, образованная от прозвища, которое давали по заметной черте характера или занятию.