Фамилия Дуюн образована от прозвища, в основе которого лежит глагол «дуться». В русских говорах у этого слова несколько значений: «раздуваться, надуваться», «молча гневаться, сердиться», а также «гордиться, спесивиться». Скорее всего, прозвище Дуюн давали человеку с заметной чертой характера — либо тому, кто обижается по пустякам, либо, наоборот, гордому и надменному. Однако не исключено, что прозвище описывало внешность: Дуюном могли назвать толстого, полного человека, будто надутого изнутри.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе прозвища Дуюн добавили нулевой суффикс — такой способ характерен для украинских и южнорусских фамилий, где прозвище перешло в фамилию без дополнительных окончаний вроде -ов или -ин. Это указывает на возможное происхождение рода из украинских или южнорусских земель. Суффикса -ун в прозвище Дуюн — это типичный для восточнославянских языков показатель деятеля или носителя признака (сравните: бегун, ворчун). Так что буквально Дуюн — это «тот, кто дуется».

Фамилия редкая, в официальных ономастических справочниках, таких как словарь Б. Унбегауна, она не упоминается, но её структура и семантика прозрачны. Встречается в основном на юге России и в восточных областях Украины, что подтверждает связь с диалектной лексикой. Однокоренные фамилии — Дудин, Дуев, Дунин — имеют ту же основу, но отличаются по суффиксам: они оформлены по-русски через -ин или -ев, тогда как Дуюн сохранил исходную форму прозвища без патронимического окончания. Эта особенность делает фамилию Дуюн более архаичной и регионально маркированной.