Фамилия Двойкин — из числа тех, что прямо указывают на порядковое место ребёнка в семье или на особенность его рождения. В её основе лежит мирское имя Двойка, которое на Руси было вполне обычным именованием. Имена по счёту детей (Первой, Второй, Третьяк, Четвертак, Шестак) встречались повсеместно — так родители без лишней затейливости фиксировали, какой по счёту родился сын или дочь.

Имя Двойка могло получить сразу несколько разных случаев. Самое прямое объяснение — второй по старшинству ребёнок. Но есть и другая, более конкретная версия: так могли назвать мальчика, у которого был брат-близнец. В народном сознании двойняшки воспринимались как «двойные», «двоякие» дети, отсюда и прозвище Двойка для одного из них. Эта версия подкрепляется и тем, что в исторических документах встречается фамилия Двойнин — в частности, у С. Б. Веселовского записан Двойнин Миленя (1638 год, Каргополь). Двойнин и Двойкин — однокоренные, образованные от одного прозвища по разным словообразовательным моделям.

Фамилия Двойкин образована по стандартной русской модели: к основе Двойк- добавился суффикс принадлежности -ин, характерный для фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а/-я. Буквально Двойкин означает «сын Двойки», «принадлежащий Двойке». Суффикс -ин типичен для северных и центральных русских земель, что хорошо согласуется с каргопольской записью XVII века.

Таким образом, фамилия Двойкин — это память о том, что предок её носителя когда-то был вторым ребёнком в семье или родился в паре с близнецом. Время стёрло исходное прозвище, оставив лишь фамилию, по которой мы можем судить о семейной истории, уходящей корнями в допетровскую Русь.