Основой фамилии Двойкин послужило мирское имя Двойка. Мирское имя Двойка, очевидно, получил второй ребёнок в семье. Имена, указывающие на то, каким по счёту в семье родился ребёнок, были очень популярны на Руси. К числу подобных именований относится и имя Двойка. Так, вполне возможно, что Двойкой называли мальчика, у которого был брат-близнец. Веселовского, где записан Двойнин Миленя, 1638 г., Каргополь. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Двойка, со временем получил фамилию Двойкин.