Фамилия Дюсеев происходит от имени Дюсей — личного имени, которое могло возникнуть двумя разными путями. Первая и наиболее вероятная версия связывает его с персидским словом «дус» (друг), к которому добавили распространённый в тюркских именах аффикс -ай, выполняющий роль ласкательного или обращательного суффикса. В таком случае имя Дюсей означает «дружок» или «друг».

Вторая гипотеза выводит Дюсея из национальной адаптации греческого имени Феодор (дар Божий). С этим именем связан один из самых почитаемых христианских святых — Феодор Стратилат. Согласно житию, он родился в малоазийском городе Евхаите, прославился тем, что убил змея близ города, позже стал военачальником в Гераклее и обратил многих в христианство. За то, что он разрушил языческие статуи, император Лициний подверг его пыткам, и 8 февраля 319 года святого усекли мечом. Тело по его завещанию погребли в родном Евхаите.

Имя Дюсей — не единственное в этом ряду. В тюркской и кавказской ономастике встречаются схожие формы Дусай, Дюсей, Дюс, которые могли давать начало фамилиям Дюсеев, Дюсов, Дюсаев. Суффикс -ев в фамилии указывает на русскую модель образования: так называли сына или потомка человека по имени Дюсей. Сословная принадлежность первых носителей не зафиксирована — фамилия могла встречаться как у крестьян, так и у служилых людей в регионах с тюркским или смешанным населением.