Фамилия Джанатан — редкий для России случай, когда фамилия образована напрямую от личного имени без русских суффиксов, часто встречающихся у славянских фамилий. В основе лежит библейское имя Ионафан (в русской традиции — Ионафан, в английском варианте — Jonathan). Имя это древнееврейского происхождения, означает «дар Божий» или «Бог дал». Перенос имени в фамилию без изменений — явление, характерное для народов, где фамилии стали оформляться поздно и не по русской модели, например, у народов Кавказа, евреев или в среде армян.

Скорее всего, носители фамилии Джанатан — выходцы из Закавказья или Ближнего Востока. В армянском языке, где нет звука «ё», имя Ионафан могло трансформироваться в «Джанатан» через замену начального «Ио» на «Джа» (характерное для ряда восточных диалектов). На Кавказе и в Закавказье фамилии часто образовывали от имени отца или деда (патронимы) без добавления русских суффиксов, поэтому Джанатан — это буквально «сын Джанатана» или просто «Ионафан» как родовое прозвище.

Встречается фамилия и у еврейских общин, особенно у бухарских или горских евреев, где имя Йонатан (Йонатан) могло произноситься с местным акцентом как «Джанатан». В таком случае фамилия — прямой патроним, записанный в документах советского времени так, как слышали чиновники.

В русской среде фамилия Джанатан — абсолютная редкость. Она не имеет типичных для России суффиксов -ов, -ин или -ский, и её носители, скорее всего, сохранили исходную форму имени предка. Географически фамилия чаще всего встречается в Армении, Грузии, Азербайджане, а также среди диаспор в Москве и Краснодарском крае. Единичные случаи фиксации в центральной России, вероятно, связаны с миграцией в XX веке.

Таким образом, фамилия Джанатан — это неадаптированное библейское имя, ставшее родовым прозвищем. Её носители — потомки людей, которых звали Ионафан, но в местном произношении это имя звучало как «Джанатан». Фамилия не имеет отношения к русскому языку и его словообразованию, а её написание — точная транскрипция живой речи, закреплённая в документах.