Фамилия Джаныбаев образована от личного имени Джаныбай. Это составное имя, и его части пришли из разных языков. Первая часть — «джан» — персидского происхождения, означает «душа». Вторая — «бай» — тюркская, в татарском и других тюркских языках означала «богатый, зажиточный человек, хозяин, господин». Вместе имя Джаныбай можно перевести как «душа господина» или «душа богача».

Имена с компонентом «бай» были широко распространены у тюркских народов. Они часто давались с пожеланием богатства и высокого положения. Формант «-бай» в таких именах мог быть как частью пожелания, так и указанием на социальный статус семьи. В данном случае основа «джан» добавляет оттенок близости, ценности — не просто богатство, а нечто душевное.

Фамилия Джаныбаев образована по стандартной для этого региона модели: к основе имени Джаныбай добавили русский патронимический суффикс «-ев». В тюркских языках такой суффикс не используется, он появился в фамилии при оформлении документов на русском языке, когда отчество или родовое имя записывали по русским канонам. Поэтому буквально Джаныбаев означает «потомок Джаныбая».

Географически фамилия Джаныбаев встречается преимущественно у народов Поволжья и Приуралья — среди татар, башкир, а также у казахов, где имя Джаныбай тоже известно. Вариант написания с «Дж» в начале (вместо тюркского «Ж») — это результат русской транскрипции, которая закрепилась в документах. В казахском языке та же фамилия выглядела бы как Жаныбаев.

Социальный слой носителей фамилии, скорее всего, был неоднородным. Имя Джаныбай могли дать и в семье зажиточного бая, и в простой крестьянской семье — как имя-пожелание. В любом случае фамилия Джаныбаев — типичный пример того, как в одном слове соединились персидский корень, тюркская социальная лексика и русская грамматическая модель, что отражает многовековое смешение культур на границе степей и лесов.