Фамилия Джапенов — редкая, и её происхождение напрямую связано с тюркским миром, скорее всего, с казахской или каракалпакской средой. Основа фамилии, «Джапен», — это личное имя или прозвище. В тюркских языках корень «джап» (или «жап») имеет значение «закрывать», «укрывать», «покрывать». Отсюда «джапен» могло означать «покрывало», «накидка», «попона» или же «тот, кто укрывает, защищает». В переносном смысле так могли назвать человека, который брал на себя заботу о других, был «покровителем» или «защитником». Вторая версия, менее вероятная, но возможная в диалектах: связь с глаголом «жабу» — «быть плоским», «прилегать», и тогда прозвище могло относиться к внешности или осанке.

Суффикс «-ов» в фамилии Джапенов — это классический русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Джапена». Такая модель образования говорит о том, что фамилия формировалась в среде, где тюркское имя было адаптировано к русской официальной системе фамилий. Это типично для народов, вошедших в состав Российской империи, когда при переписях и документах к тюркским основам добавляли русское окончание. Географически фамилия, скорее всего, привязана к Западному Казахстану, Актюбинской области или Каракалпакстану, где подобные имена встречаются чаще.

Интересная деталь: в отличие от многих тюркских фамилий, оканчивающихся на «-ов», у Джапенова нет варианта с суффиксом «-ин», который указывал бы на принадлежность к матери или роду. Это усиливает версию, что Джапен — именно мужское имя, а не женское прозвище. Встречаются также однокоренные фамилии Джапаров, Жапаров, Джаппаров, но Джапенов стоит особняком — его основа короче и, вероятно, архаичнее. Носители этой фамилии, как правило, имеют предков, не связанных с оседлым земледелием: скотоводов, кочевников, возможно, мастеров по изготовлению войлочных покрытий (кошм), что косвенно подтверждает «покрывную» семантику корня.