Фамилия Джилагания — одна из тех, чей корень уводит в Закавказье, а точнее — в Мегрелию, историческую область на западе Грузии. Суффикс -ия (в грузинском варианте -ია) — верный маркер мегрельского происхождения: так оформляли фамилии в этой части Грузии наравне с более известным -дзе или -швили. Основа же — Джилаган — скорее всего, вариант имени или прозвища, которое восходит к тюркскому или персидскому слову, обозначающему «чужеземец», «странник» или «пришелец». В тюркских языках «джилаган» (или «джилагъан») могло означать «плачущий» или «скиталец» — это прозвище давали человеку, который перебрался на новое место, либо тому, кто был не местным.

По другой версии, корень «джил» связан с грузинским словом «джили» — «петух». Тогда Джилагания могло быть прозвищем задиристого, крикливого человека. Однако эта версия менее вероятна: суффикс -ан в мегрельских фамилиях нехарактерен для образования от названий животных, чаще он встречается в именах и топонимах.

Социальный срез: носители фамилии Джилагания — в основном мегрелы, православные христиане, исторически жившие в селах Зугдидского и Чхороцкуского районов. В XIX веке фамилия фиксируется в метрических книгах Кутаисской губернии. В России и Украине Джилагания — редкая фамилия, её принесли в основном переселенцы из Грузии в советское время.

Словообразовательная модель проста: к основе Джилаган прибавляется мегрельский суффикс -иа, указывающий на принадлежность к роду. Буквально фамилия означает «из рода Джилагана» или «потомок Джилагана». Ударение в русском произношении обычно падает на второй слог: Джила́гания, хотя в оригинале, по мегрельским правилам, ударным может быть третий: Джилагани́а.