Фамилия Джунковская — редкий случай, когда дворянский род может связать своё начало не просто с конкретным предком, а с легендарной фигурой монгольского князя. По преданию, род восходит к Мурзе-хану Джунку, который прибыл в Москву в составе посольства в начале XVI века. Уже достоверно известно о полковнике Кондратии Джунковском, жившем в конце XVII века, а в конце XVIII века среди продолжателей рода значится есаул Нежинского полка и батуринский протопоп Степан Джунковский. При Николае I род, владевший землями в Полтавской губернии, внесли в родословную дворянскую книгу губернии с пожалованием герба. Представители семьи занимали крупные государственные посты.

Герб Джунковских — щит, на котором изображено окровавленное сердце, пронзённое мечом и двумя обращёнными вправо стрелами. В правом поле щита виднеется полумесяц с двумя звёздами, под ними — глобус, а в левом — раскрытая книга. Такая символика нечасто встречается в русской геральдике и отсылает к военной доблести и просвещению.

Фамилия образована по типичной модели от имени Джунко. Оно, скорее всего, восходит к монгольскому слову «джун» («дзун»), что значит «левый». Вполне вероятно, что основатель рода был левшой. Есть и другие версии. Согласно одной из них, имя Джунко заимствовали во время попытки татаро-монголов подчинить Японию: у японцев есть имя Джунко, которое переводится как «чистый ребёнок». Родители, нарекая так ребёнка, желали ему чистоты души. Третья гипотеза связывает имя с китайским Джун (Jun), означающим «милашка» или «прелесть» — возможно, ребёнок был очень хорошеньким. Из всех версий монгольская выглядит наиболее правдоподобной: она прямо соотносится с историей рода и его легендарным основателем, а не с отдалёнными культурами.

Суффикс -ск- указывает на дворянское или шляхетское происхождение: такие фамилии чаще всего получали владельцы земель или выходцы из знатных родов. Таким образом, фамилия Джунковская — не просто наследственное имя, а маркер принадлежности к старинному роду, чья история начинается с княжеского посольства и продолжается службой русским царям.