Фамилия Джункураев — один из тех случаев, когда корень слова почти наверняка ведёт в тюркские или кавказские языки, а суффикс выдаёт русскую адаптацию. В основе лежит имя или прозвище Джункур. Это составное слово, где первая часть «джун» восходит к персидскому или тюркскому «джан» (душа, жизнь), а вторая — «кур» может означать «слепой», «глухой» или «могила» в разных тюркских диалектах. Однако в данном контексте правдоподобнее версия, что Джункур — это вариант имени Джанкурбан (жертва души) или Джанкул (раб души), которые в бытовой речи сократились до Джункур. Суффикс «-ев» типичен для русской паспортной записи фамилий на тюркской основе: так окончание «-ов/-ев» пришивали к любой основе, не меняя её.

Географически фамилия Джункураев чаще всего встречается в Чечне, Ингушетии и среди народов Дагестана, особенно у кумыков и чеченцев. Это указывает на то, что предки носителя, скорее всего, были выходцами из горных или предгорных районов Северного Кавказа. В отличие от русских фамилий, которые часто образовывались от имени отца (Иван — Иванов), здесь основа — личное прозвище, данное по какому-то качеству или обету. Если Джункур — это сокращение от «Джанкурбан», то предок мог быть человеком, которого родители «посвятили» богу, дав имя-оберег. Если же корень «кур» понимать как «слепой», то прозвище могло относиться к человеку с плохим зрением, но это менее вероятно, так как в мусульманской ономастике такие прямые физические характеристики редко становились основой для имени.

Интересная деталь: в чеченском языке есть слово «джункур» как обозначение небольшого ущелья или оврага. Возможно, фамилия произошла от топонима — человека, жившего у такого оврага, прозвали Джункур, а его потомки стали Джункураевыми. Эта версия объясняет, почему фамилия не разошлась широко за пределы региона: она привязана к конкретному месту. В любом случае, носитель фамилии может быть уверен, что его предки жили на Северном Кавказе, а сама фамилия старше XIX века — именно тогда русская администрация начала массово фиксировать горцев с фамилиями на «-ов/-ев».