Фамилия Джузгенбаев — редкий пример фамилии, образованной от тюркского составного имени. Её основа — «Джузгенбай», где «бай» означает «господин, богач, хозяин» (титул, часто становившийся компонентом личных имён у казахов, киргизов, каракалпаков и других народов). Первая часть — «джузген» — спорная. Скорее всего, это искажённое «жүзген» (каз. «плавающий», «умеющий плавать») или «жүзгін» («быстро плавающий»). В таком случае имя Джузгенбай могло означать «богатырь, что плавает как рыба» или метафорически «ловкий, как пловец». Менее вероятна связь с «жүз» («сто», «сотня») — тогда имя означало бы «владелец сотни», но такая версия слабее, так как числительные в именах обычно стоят после «бай».

Суффикс «-ев» указывает на русскую адаптацию фамилии в XIX–XX веках. В оригинале фамилия должна была звучать как Джузгенбайулы (у казахов) или Джузгенбаев (с русским окончанием). Такая модель типична для фамилий, которые давали при переписях или в документах Российской империи: к тюркскому имени добавляли русский патронимический суффикс «-ов/-ев» по отцу. Носители фамилии — почти наверняка казахи или киргизы, предки которых носили имя Джузгенбай. Географически фамилия чаще встречается в южных регионах Казахстана (Жамбылская, Туркестанская области) и в соседних районах Узбекистана.

Особенность этой фамилии — её редкость даже в тюркоязычной среде. В отличие от массовых фамилий вроде Ахметов или Смагулов, Джузгенбаев почти не фиксируется в больших базах данных. Это говорит о том, что род, скорее всего, был немногочисленным или локальным. Социальный контекст: предки носителя фамилии не относились к знати (суффикс «-бай» в тюркских именах мог быть у зажиточных скотоводов, но не у степной аристократии). Вероятно, это были рядовые кочевники, чьё имя-прозвище закрепилось в официальных документах при переходе к оседлости.

Если искать однокоренные фамилии, можно вспомнить Джузгенов (с усечением «-бай») или Джузбаев (с заменой корня). Но Джузгенбаев — самостоятельная форма, сохранившая исходное имя почти без сокращений.