Фамилия Ебень — редкий и сложный случай в русской ономастике. Вопреки ожиданиям, её основа не связана с обсценной лексикой, а восходит к диалектному или иноязычному корню.

Словообразовательная модель указывает на суффикс -ень, характерный для прозвищных фамилий (сравните: Кислень, Сладень, Худень). Основа «еб-» в русских говорах имела значение «двигаться, идти, бродить». В северных и сибирских диалектах «ебень» — это бродяга, непоседа или человек, который «ебенит» (медленно идёт, тащится). Таким образом, фамилия могла закрепиться за человеком с медлительной походкой или за странником.

Вероятна и топонимическая версия. В некоторых регионах России существовали урочища или речки с похожим названием (например, Ебеньга в Архангельской области). Житель такого места получал прозвище Ебень, а его потомки — фамилию. Эта гипотеза подкрепляется тем, что в переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с фамилией Ебенев, что говорит о более раннем, «неприличном» звучании основы, которое тогда не воспринималось как табуированное.

Современное звучание фамилии — результат случайного совпадения с матерным корнем, которое произошло в XX веке. В дореволюционной России и в первые советские десятилетия носители фамилии Ебень фиксировались в основном в Вологодской и Костромской губерниях, где диалектная лексика была иной.

Фамилия Ебень не принадлежала дворянству или духовенству. Она типична для крестьянского сословия Русского Севера, где прозвища часто давались по поведению или местности, а не по роду занятий. Сегодня это одна из самых редких русских фамилий, и её носители, скорее всего, сталкиваются с неловкими вопросами — хотя этимологически она не имеет к мату никакого отношения.