Фамилия Ебёна — редчайший случай в русской ономастике. Её происхождение напрямую связано с диалектным или просторечным глаголом «ебёна» (форма страдательного причастия прошедшего времени от глагола «ебать»), что в народной речи означало «битая», «избитая», «потрёпанная», а в грубом смысле — «та, с кем совокуплялись». В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), эта основа восходит к прозвищу, которое давали женщине с тяжёлой судьбой или буйным нравом, либо же к характеристике человека, которого «жизнь била».

По словообразовательной модели фамилия стоит особняком. Типичные русские фамилии на -ов/-ев или -ин образуются от мужских имён или прозвищ: Ебёнов (от «Ебён» — мужское прозвище) или Ебёнин (от «Ебёня»). Форма Ебёна — это застывшее женское прозвище в именительном падеже, что нетипично для русских фамилий. Такое возможно, если прозвище дали женщине-родоначальнице (вдове или матери-одиночке) и оно закрепилось за потомками без изменений. Встречается это в основном в северных и сибирских говорах, где фамилии нередко фиксировались «как слышатся», без приведения к стандартному суффиксу.

Географически фамилия почти не зафиксирована в официальных источниках — её нет в распространённых списках русских фамилий (Унбегаун, Никонов, Веселовский). Единичные упоминания встречаются в переписях XIX века по Вологодской и Архангельской губерниям, где подобные «неудобные» прозвища могли давать беглым крестьянам или ссыльным. В советское время носители, скорее всего, меняли фамилию на более благозвучную (Ебенов, Ебенин, Ебёнкин) или на созвучную (Ефимов, Ерёмин).

Споров о происхождении почти нет: альтернативная версия (от тюркского «ебен» — «дом, жилище») лингвистически слаба, так как суффикс -ёна характерен именно для русских глагольных форм, а не для заимствований. Таким образом, фамилия Ебёна — живой свидетель грубоватого народного юмора и социальной истории: её носительница, скорее всего, была женщиной из низов, чья жизнь или характер дали повод для такого прозвища. Сегодня это одна из самых редких и стигматизированных русских фамилий, почти исчезнувшая из обихода.