Фамилия Ебигусев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа «Ебигус» не встречается ни в крестильных святцах, ни в списке распространённых тюркских имён, поэтому здесь почти наверняка не имя, а прозвище. Суффикс -ев указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от основ на твёрдый согласный: Ебигус — сын Ебигуса, то есть потомок человека, носившего такое прозвище.

Разобрать слово «Ебигус» по частям можно, если допустить, что перед нами искажённое или переосмысленное тюркское сочетание. Первая часть «еби» (в разных тюркских языках — «дом», «хозяйство», «семья») и вторая «гус/кус» (птица, иногда в переносном смысле «ловкий», «быстрый») могли сложиться в прозвище домоседа, хозяина птицы или, напротив, человека, который «как птица дома» — то есть не сидит на месте. Такая версия объясняет возможную основу, но остаётся гипотетической, так как письменных фиксаций этого прозвища в исторических источниках не обнаружено.

Более вероятно, что «Ебигус» — это результат народного переосмысления (ложной этимологии) какого-нибудь иноязычного имени. Например, мусульманское имя Ибрагим в тюркской среде могло дать форму Ибрагис, а та, в свою очередь, под влиянием русской речи превратиться в Ебигус. Или же исходным было имя Абигус — вариант арабского Абид (поклоняющийся) с наращением -ус. В любом случае, фамилия Ебигусев, скорее всего, сформировалась в среде крещёных татар, башкир или других народов Поволжья и Приуралья, где тюркские прозвища активно русифицировались в XVIII–XIX веках.

Географически фамилия сегодня встречается точечно, преимущественно в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. Это подтверждает её вероятную связь с волго-уральским регионом, где смешение тюркских и славянских языковых традиций давало такие нестандартные формы. Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, реже — казаками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, Ебигусев — фамилия-загадка, где за неблагозвучным для русского уха корнем скрывается либо искажённое тюркское прозвище, связанное с домом и птицей, либо адаптация арабо-мусульманского имени. Точную этимологию установить сложно из-за отсутствия ранних письменных свидетельств, но региональная привязка и модель образования указывают на восточное, скорее всего, тюркское происхождение.