Фамилия Эбишевы — редкий случай, когда основа, скорее всего, не славянская, а тюркская, но оформлена по русской словообразовательной модели. Суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть фамилия образована от имени или прозвища родоначальника — Эбиш.

Самое вероятное объяснение корня «Эбиш» — это диалектная форма тюркского имени Эбиш или Ибиш. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) имя Ибиш (Эбиш) — уменьшительно-ласкательный вариант от арабского имени Ибрагим (Ибрахим). В народной среде такие сокращения были обычны: Ибрагим превращался в Ибиша, а затем — в Эбиша. Вторая версия, менее распространённая, связывает основу с тюркским словом «эби» (бабушка, старуха) — в таком случае прозвище Эбиш могли дать ребёнку, который родился в доме, где главной была пожилая женщина, или же ребёнку, который внешне напоминал старого человека. Однако версия с производным от Ибрагима выглядит предпочтительнее, так как имена, образованные от Ибрагима, встречаются у многих тюркских народов, и фамилии на -ев от них — обычное дело.

Географически фамилия Эбишевы тяготеет к регионам с тюркским населением: её фиксируют в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также среди казахских родов. Встречается она и у русских, но, скорее всего, как результат ассимиляции тюркского рода. В дореволюционных документах фамилия могла писаться и как Эбишев, и как Ибишев — разница в первой букве объясняется особенностями местного произношения и записи в метрических книгах.

Таким образом, Эбишевы — это русифицированная фамилия с тюркскими корнями, образованная от личного имени Эбиш (Ибиш), которое, в свою очередь, восходит к имени пророка Ибрагима. Предки современных носителей фамилии, скорее всего, были крещёными татарами или башкирами, либо же русскими, получившими фамилию от прозвища, данного по соседям-тюркам.