Фамилия Эбишев — редкая и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корень, нужно обратиться к тюркским языкам, а точнее — к казахскому или башкирскому. Основа фамилии, «Эбиш», скорее всего, представляет собой вариант имени или прозвища, образованного от тюркского слова «әби» (äbi) — «бабушка», «старуха», «почтенная женщина». В таком случае прозвище Эбиш могли дать ребёнку, которого воспитывала бабушка, или же мальчику, родившемуся, когда мать была уже в возрасте. Другая, менее вероятная версия связывает основу с арабским именем Хабиб («любимый», «друг»), которое в тюркской среде могло сократиться до Эбиш.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий, характерную для тюркских народов, вошедших в состав Российской империи. Когда в XIX веке у башкир, казахов и татар начали массово фиксировать фамилии, к имени или прозвищу отца добавляли этот суффикс, получая отчество в роли наследственной фамилии. Таким образом, Эбишев — буквально «сын Эбиша». Фамилия распространена в основном на Южном Урале и в Западной Сибири, особенно среди башкир и татар. Встречается также у казахов, где может писаться без суффикса — Эбиш.

В дореволюционных записях фамилия могла фиксироваться через «а» — «Абишев», что связано с особенностями произношения тюркского звука «ә» в разных диалектах. Это не ошибка, а вариативность, которую стоит учитывать при поиске предков в архивах. Носители фамилии Эбишев, как правило, происходят из крестьянского или казачьего сословия — в Оренбургской и Уфимской губерниях многие тюркские роды несли казачью службу. Современных известных деятелей с этой фамилией мало, что делает её ценной для генеалогического поиска: она не размыта массовым распространением.