Фамилия Ебко — редкий случай, когда основа прозрачна, но вызывает вопросы из-за неожиданного звучания. На самом деле ничего неприличного в ней нет: корень восходит к древнему глаголу «ебать» в его исходном, ныне утраченном значении «бить, ударять, хлестать». В старых говорах «ебло» означало удар, хлесткое движение, а «ебать» — сечь розгами или колотить. Так что прозвище Ебко могли дать человеку с тяжелой рукой, драчуну или, наоборот, тому, кто сам часто получал побои.

Суффикс -к- в фамилиях украинского и южнорусского происхождения часто превращает прозвище в фамилию напрямую, без патронимических суффиксов -ов/-ев. Ебко — это типичная «усеченная» форма, характерная для восточнославянской ономастики: прозвище закрепилось как фамилия без изменений, по той же модели, что Дергачко, Стебко или Грибко. Встречается она преимущественно в Черниговской и Сумской областях Украины, а также в приграничных районах России, где исторически бытовали говоры с таким типом словообразования.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным «ебка» — небольшой ямкой, лункой или углублением (ср. «ябка» в польском). Тогда Ебко могло быть прозвищем человека, жившего у оврага или в низине. Но первое толкование поддерживается тем, что глагольная основа «еб-» в значении «бить» фиксируется в древнерусских памятниках и в «Словаре русских народных говоров», тогда как «ямная» версия слабо документирована.

Дворянских родов с этой фамилией не известно — она явно крестьянская или казачья. В ревизских сказках XIX века Ебко встречаются среди мещан и государственных крестьян Левобережной Украины. Носители фамилии нередко меняли написание на более благозвучное Ебков, но исходная форма сохранилась у многих семей. Сейчас фамилия редкая, в России её носят не более нескольких сотен человек.