Фамилия Ебонашка — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка было не русским, а прибалтийским или финно-угорским. В славянском языке корень «ебон-» не имеет смысла, зато в литовском, латышском и эстонском есть слово «ebon» — производное от немецкого «Ebenholz» (чёрное дерево, эбен). В Прибалтике так могли прозвать либо человека с очень тёмными, «чёрными» волосами или кожей (сравните с южнорусским прозвищем «Чернявый»), либо столяра, работавшего с дорогим эбеновым деревом.

Суффикс «-ашка» — уменьшительно-пренебрежительный, характерный для украинских и белорусских говоров (сравните: «хлопашка», «рубашка»). Однако в сочетании с неславянским корнем он указывает на адаптацию: прибалтийское прозвище «Эбонас» или «Эбон» попало в западнорусскую среду, где его переделали на свой лад, добавив типичный для тех мест суффикс. Фамилия могла возникнуть на стыке современных Псковской, Смоленской областей и Латвии, где веками жили смешанные русско-латышские общины.

Вторая, менее вероятная версия — искусственное происхождение. В XIX веке у старообрядцев и сектантов (например, у молокан) встречались прозвища, образованные от библейских имён с искажением: «Евонашка» (от Евангелие) могло со временем перейти в «Ебонашка» через народную этимологию. Но эта гипотеза слабее, потому что для библейских основ обычно брали суффикс «-ов» или «-ин», а не «-ашка».

Сословная принадлежность носителей неясна — фамилия не фиксируется в дворянских родословных книгах. Скорее всего, её носили крестьяне или мещане из западных губерний. Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая: по открытым данным, носители живут в основном в Латвии и на северо-западе России, что подтверждает прибалтийский след.