Фамилия Эбубекирова — яркий пример того, как русская модель фамилии закрепила нерусское по происхождению имя. Основа фамилии восходит к арабскому имени Абу Бакр (араб. أبو بكر — «отец девственницы», то есть отец Аиши, жены пророка Мухаммеда). Это имя носил первый праведный халиф, ближайший сподвижник пророка, поэтому оно широко распространено в исламском мире.

В русской среде фамилия оформлена по стандартной словообразовательной модели: к основе, заканчивающейся на согласный, добавлен русский патронимический суффикс -ов, а затем женский суффикс -а. Мужской вариант — Эбубекиров. Начальное «Э» вместо ожидаемого «А» — результат местного произношения или особенностей тюркской передачи арабского звука. В ряде тюркских языков (например, в кумыкском или татарском) имя Абубакр звучит как Эбубекир, что и закрепилось в фамилии.

Географически фамилия Эбубекирова чаще всего встречается в Дагестане, Чечне, Ингушетии, а также среди кавказских народов в целом. Она может указывать на то, что предок носителя фамилии был уважаемым человеком в общине — возможно, муллой, учителем или старейшиной, которого назвали в честь халифа. В отличие от фамилий, образованных от прозвищ по ремеслу или внешности, эта фамилия — прямая отсылка к исламской традиции и имени, которое давали в честь почитаемой исторической фигуры.