Фамилия Еднаковская — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание суффиксом. Окончание -ская типично для польских, украинских, белорусских и еврейских фамилий, образованных от названий мест. В русской традиции такие фамилии чаще носили дворяне или духовенство, но в данном случае, скорее всего, перед нами фамилия польского или западноукраинского происхождения.

Основа фамилии — «Еднак». В польском языке слово «jednak» означает «однако», «всё же», но в качестве прозвища или имени оно маловероятно. Гораздо правдоподобнее, что корень восходит к слову «jedny» (один, единый) или к глаголу «jednać» (объединять, мирить). «Еднак» могло быть прозвищем примирителя, посредника, человека, который сводил враждующие стороны. В украинских говорах «єднак» — это «единомышленник», «товарищ», что укрепляет эту версию.

Географически фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Еднаково или Еднаки — такие топонимы встречаются на территории современной Польши и Западной Украины. Суффикс -овск-/-евск- в сочетании с -ская типичен для шляхетских фамилий, образованных от имения. То есть предок мог владеть землёй или жить в местечке, которое называлось по его роду или по особенностям местности.

Встречается также вариант написания «Еднаковска» — с окончанием -а, что характерно для женской формы в польской традиции. Если фамилия передавалась по мужской линии как Еднаковский, то Еднаковская — это её женский вариант, что часто путают в русскоязычной среде.

Сословно носители фамилии могли быть мелкой шляхтой, мещанами или крестьянами, получившими фамилию по месту жительства. В массовых переписях XIX века фамилия фиксируется в Подольской и Волынской губерниях, что подтверждает её западнорусские корни. Сейчас Еднаковские встречаются редко, что делает фамилию ценной для генеалогического поиска — она не «затерта» массовыми однофамильцами.