Фамилия Эфенедиев — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа явно восходит к титулу или званию «эфенди» (от турецкого efendi — «господин, хозяин, учитель»), которое в Османской империи и на Кавказе употреблялось как уважительное обращение к образованным людям, духовным лицам или чиновникам. В русском языке это слово закрепилось через посредничество тюркских языков, особенно в регионах, долго входивших в зону османского или персидского влияния — на Северном Кавказе, в Закавказье и в Крыму.

Словообразовательная модель фамилии типична для русификации иноязычных основ: к тюркскому корню «эфенди» добавили русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Такая модель характерна для фамилий, которые оформились в XIX — начале XX века, когда представители кавказских и тюркских народов, получая российское подданство или записываясь в метрики, обретали фамилии по отцовскому имени или прозвищу. То есть Эфенедиев буквально означает «сын (или потомок) эфенди».

Интересно, что в самой фамилии произошла фонетическая адаптация: в исходном слове «эфенди» ударение падает на второй слог, а в русском произношении фамилии оно сместилось на третий (Эфене́диев) или осталось на втором в зависимости от местной традиции. Кроме того, написание через «е» после «ф» (Эфенедиев, а не Эфендиев) может указывать на запись «на слух» или на влияние азербайджанского/кумыкского произношения, где гласный в первом слоге редуцируется.

Географически фамилия встречается почти исключительно у народов Дагестана, Чечни и Азербайджана, реже — у крымских татар и турок-месхетинцев. В дореволюционных списках она могла фиксироваться в вариантах Эфендиев, Эфенди-оглы или даже Афендиев. Сословно предки носителей фамилии чаще всего относились к духовенству (муллы, кадии) или к купечеству — людям, которых окружающие называли «эфенди» за грамотность и уважаемый статус. Прямой связи с дворянским титулом нет: это скорее социальное прозвище, ставшее родовым именем.