Фамилия Еина — редкий случай, когда написание расходится с произношением. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Еи́на. Если же произносить «Е́ина», фамилия звучит как притяжательное прилагательное от имени Ея, но это маловероятно. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от имени или прозвища через суффикс -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — «Еин». Женская форма Еина закрепилась в документах, но исторически мужской предок носил фамилию Еин.

Самая очевидная версия — основа «Ея». Это старое русское нецерковное имя, известное по документам XVI–XVII веков. Оно могло быть сокращением от Еремей, Елисей или Евсей, а могло и самостоятельным прозвищем — от глагола «еять» (сеять) или диалектного «ея» (отклик, эхо). В таком случае фамилия означает «сын Еи», «потомок того, кого звали Ея». Фамилии на -ин от подобных коротких имён — Есин, Емин, Ершов — встречаются часто, и Еин стоит в том же ряду.

Менее вероятна, но возможна связь с греческим именем Ева (через форму Ея) или с финно-угорскими корнями, где «ей» означает «ночь». Однако для центральной России, где фамилии на -ин особенно типичны, версия с именем Ея остаётся основной.

Географически фамилия Еина встречается точечно, преимущественно в старых русских областях — Вологодской, Архангельской, Костромской. Это северный ареал, где хорошо сохранились архаичные нецерковные имена. Носители фамилии — скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, а не дворян: фамилии на -ин у дворян обычно образовывались от полных церковных имён (Ильин, Никитин), а не от сокращённых прозвищ.

В современном словоупотреблении фамилия Еина нередко вызывает путаницу при склонении: её путают с грузинскими фамилиями на -ия или ошибочно считают неизменяемой. На самом деле она склоняется как обычное прилагательное: Еиной, Еину, о Еиной.