Фамилия Экемсеев — редкий пример, где основа не славянская, а тюркская, причём с отчётливым профессиональным следом. В отличие от большинства русских фамилий на -ев, образованных от крестильных имён (Иван → Иванов), здесь корень восходит к тюркскому слову «экемсе» или близкому к нему «эгемсе». В ряде тюркских языков, особенно в татарском и башкирском, «экемсе» (вариант — «икемсе») означает «пахарь», «земледелец», «тот, кто пашет». Буквально — «делающий посев» или «возделывающий землю». Таким образом, Экемсеев — это «сын пахаря», фамилия, указывающая на занятие предка.

Суффикс -ев в данном случае — чисто русский патронимический формант, который добавили при адаптации фамилии в русской среде. Исходное прозвище Экемсе (или Экемсей) могло бытовать среди татар, башкир или других тюркских народов Поволжья и Приуралья. Когда носитель такого прозвища переходил в православие или попадал в русскую административную систему, его фамилию оформляли по стандартной модели: к основе добавляли -ов или -ев. Форма Экемсеев, а не Экемсов, говорит о том, что исходное прозвище оканчивалось на мягкий согласный или на -й (Экемсей), поэтому и приращение пошло по мягкому варианту.

География фамилии сегодня крайне узкая. По данным открытых источников и телефонных справочников, основные носители Экемсеевых сосредоточены в Оренбургской области и в Башкортостане. Это подтверждает версию о происхождении из зоны татаро-башкирского расселения. Встречаемость фамилии очень низкая — вероятно, она восходит к одному роду или к нескольким родственным семьям, не получившим широкого распространения.

Словообразовательная модель здесь необычна тем, что тюркский профессиональный термин стал личным прозвищем, а затем, через русский суффикс, превратился в фамилию. В отличие от фамилий типа Кузнецов или Мельников, где основа понятна каждому русскому уху, Экемсеев требует этимологического комментария. При этом в самом тюркском корне нет никакой тайны: «экемсе» — это аналог русского «пахарь» или «земледелец». Предок Экемсеевых, скорее всего, был крестьянином, занимавшимся полевыми работами, и это занятие закрепилось за ним как прозвище, а затем и как фамильное имя.