Фамилия Экемскин настолько редкая, что не встречается ни в одном из основных ономастических словарей — ни у Унбегауна, ни у Никонова, ни у Веселовского. Это сразу подсказывает, что перед нами либо позднее искусственное образование, либо локальная фамилия, возникшая в узком кругу. Её написание и звучание заставляют заподозрить нерусскую основу, переоформленную русским суффиксом -ин.

Скорее всего, в основе лежит топоним или прозвище, восходящее к тюркскому корню. Форма «Экем» могла возникнуть от тюркского слова «экем» — «мой старший брат» или «мой предок» (в некоторых диалектах — почтительное обращение к старшему). В таком случае Экемскин — это «сын Экема» или «потомок Экема», где конечное -скин образовано по модели русских фамилий на -ский с последующим усечением. Впрочем, возможен и другой путь: фамилия могла возникнуть от названия местности вроде Экем, Экемск — тогда суффикс -ин указывает на принадлежность к этому месту («из Экема»).

Нельзя исключать и финно-угорский след. В коми-пермяцком языке есть слово «экем» — «маленький, крошечный»; прозвище Экем давали низкорослому человеку. Если это так, то Экемскин — русифицированная форма фамилии, которую первоначально носили в Прикамье или на Урале. Именно там, в зоне контакта славянских и финно-угорских языков, часто встречаются фамилии с необычным корнем и суффиксом -ин.

Поскольку фамилия чрезвычайно редкая (в современных базах данных — единичные носители, в основном в центральной России), её история, скорее всего, неглубокая: XVIII–XIX века. Сословная принадлежность предков неясна, но суффикс -ин чаще давали крестьянам и мещанам, а не дворянам. При этом характерный суффикс -скин (а не обычное -ов или -ев) выбивается из общей массы — он мог появиться при переписи как искажение или как сознательное облагораживание фамилии.