Фамилия Экемскина — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно отбросить современное окончание -а (женский вариант) и взять мужскую форму — Экемскин. Основа здесь — Экемск-, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Экемска» или «человек из семьи Экемска».

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с географическим названием. В русской ономастике суффикс -ск- часто указывает на топонимическое происхождение: фамилии на -ский/-ской давали выходцам из определённой местности. Экемскин мог образоваться от названия населённого пункта вроде Экемск, Экемское или Экема. Таких топонимов на современной карте России нет, но они могли исчезнуть — например, небольшая деревня в Поволжье или на Урале, где встречаются похожие по звучанию корни (ср. река Эки, село Экимчан).

Альтернативное объяснение — искусственное или семинарское происхождение. В XVIII–XIX веках духовные училища и семинарии нередко давали будущим священникам «благозвучные» фамилии, переделанные из местных названий или даже из редких слов. Корень «экем» мог быть переосмыслен как греческое «ойкос» (дом) или как вариант фамилии Екимов (от имени Иоаким). Но в таком случае форма была бы скорее Экемский, а не Экемскин.

Что касается суффикса -ин, он типичен для северных и центральных русских говоров. Фамилии на -ин образовывали от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Если Экемск — это прозвище (например, от диалектного слова), то Экемскин — его «сыновья» форма. Однако прозвищного корня «экем» в доступных словарях русских говоров нет, что делает топонимическую версию более весомой.

Носители фамилии Экемскина встречаются крайне редко, в основном в записях XX века. Сословная принадлежность предков неясна: фамилия могла принадлежать как крестьянам из исчезнувшего села, так и выходцам из духовенства. Точный ответ дала бы только архивная работа — поиск в метрических книгах или ревизских сказках конкретного уезда.