Фамилия Екейбаева образовалась от мужского имени Екейбай, которое, в свою очередь, состоит из двух компонентов. Первый из них - «екей» - является обозначением рода племени Шапырашты, принадлежащего Старшему жузу, т.е. группе казахских родов и племён, занимавшей территорию Семиречья и Южного Казахстана и часть современной территории западного Китая и Узбекистана (Ташкентская область). Процесс сложения Старшего жуза завершился в начале XVI века. В XVI—XVIII веках на территории Старшего жуза возникали и исчезали ханства, пока в 20—40-х годах XIX века Старший жуз не вошёл в состав Российской империи. Вторая часть имени – «бай» – также имеет древнетюркское происхождение и переводится на русский язык как «богатый, зажиточный человек, хозяин, господин». Скорее всего, имя Екейбай было дано мальчику, будущему основателю рода Екейбаевых, с пожеланием стать достойным потомком великих баев из рода екей. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Екейбаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.