Фамилия Екиен — редкий случай, когда написание говорит о происхождении больше, чем корень. В русском языке фамилий на -ен немного, и почти все они восточного или западного прихода. Здесь же перед нами, скорее всего, украинская или южнорусская фамилия, образованная от прозвища или имени через суффикс -ен, который в украинской ономастике работает как уменьшительный или указывает на потомка (аналог русского -ёнок). Если бы фамилия была великорусской, мы бы ждали окончания -ов или -ин: Екиенов, Екиенин. Но раз его нет, перед нами форма, застывшая в родительном или звательном падеже.

Основа «Еки-» ведёт к двум версиям. Первая: от канонического имени Иоаким (в бытовой русской форме Яким, Аким). В украинских говорах начальное «я» нередко переходило в «е»: Еким, Екименко, Екиенко. Фамилия Екиен могла возникнуть как краткое «Екиенко» — без наращения -ко, что характерно для некоторых регионов Черниговщины или Полтавщины, где фамилии усекали. Вторая версия: от диалектного глагола «екать» (заикаться, тянуть звук) или прозвища Ека, Еки́й — человека с невнятной речью. Но это менее вероятно: прозвищные фамилии на -ен в украинской среде редки, чаще они образуются от имён.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу России и востоку Украины. В дореволюционных переписях Екиены встречаются в основном среди крестьянского сословия Курской, Харьковской и Воронежской губерний. Это значит, что предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами, а сама фамилия закрепилась за одним родом, а не разошлась по разным ветвям. Никакого дворянского или духовного следа у неё нет — простая, но редкая фамилия, сохранившая украинскую модель словообразования в русском контексте.