Начнём с буквы «Ё». Написание фамилии Ёкин — редкий случай, когда диакритический знак не факультативен, а принципиален. Если написать «Екин», смысл корня теряется: основа здесь не от «екать» (заикаться) или «ехать», а от междометия «ё» — того самого, которое в XVIII веке считали простонародным восклицанием удивления, досады или одобрения. В говорах «ёкать» означало «кричать, аукать», а «ёкнуть» — «ударить, стукнуть». Прозвище Ёка или Ёко давали человеку крикливому, резкому в движениях или тому, кто часто вставлял в речь это междометие.

Модель образования простейшая: основа «Ёк-» плюс патронимический суффикс «-ин». Фамилия указывает на прямого потомка человека по прозвищу Ёка. Такая словообразовательная схема типична для северных и сибирских говоров, где междометия и звукоподражания легко становились личными именами (ср. Айкин, Ойкин). По одной версии, корень мог быть искажён из тюркского «ёк» — «нет, отсутствует», но для фамилии это маловероятно: тюркские прозвища обычно осмыслялись по-русски как «Еков» или «Яков».

География фамилии узкая. Основной массив носителей — Архангельская область, особенно низовья Северной Двины, и Забайкалье. Второй ареал объясняется ссылками и переселениями старообрядцев в XVII–XIX веках. В метрических книгах XIX века фамилия встречается редко, что говорит о её локальном, недворянском происхождении — скорее всего, крестьянском или мещанском.

Известных носителей, оставивших след в истории, нет.