Фамилия Ёкин — редкий случай, когда буква «Ё» в корне принципиальна, а не факультативна. Если написать «Екин», смысл теряется: основа здесь не от «екать» (заикаться) или «ехать», а от простонародного междометия «ё». В XVIII веке это восклицание удивления, досады или одобрения считали грубоватым, но в говорах оно дало жизнь целому гнезду слов: «ёкать» означало «кричать, аукать», а «ёкнуть» — «ударить, стукнуть». Прозвище Ёка или Ёко давали человеку крикливому, резкому в движениях или тому, кто часто вставлял в речь это междометие.

Словообразовательная модель простейшая: основа «Ёк-» плюс патронимический суффикс «-ин». Фамилия указывает на прямого потомка человека по прозвищу Ёка. Такая схема типична для северных и сибирских говоров, где междометия и звукоподражания легко становились личными именами (ср. Айкин, Ойкин). Иногда корень пытаются вывести из тюркского «ёк» — «нет, отсутствует», но для русской фамилии это маловероятно: тюркские прозвища обычно осмыслялись по-русски как «Еков» или «Яков», а не через «Ё».

География фамилии узкая, и это её главная особенность. Основной массив носителей — Архангельская область, особенно низовья Северной Двины, и Забайкалье. Второй ареал объясняется ссылками и переселениями старообрядцев в XVII–XIX веках. В метрических книгах XIX века фамилия встречается редко, что говорит о её локальном, недворянском происхождении — скорее всего, крестьянском или мещанском. Известных носителей, оставивших след в истории, нет, но сама фамилия — живой след народной речи, где простое восклицание стало именем на века.