Фамилия Екидин — редкий случай, где основа не очевидна на первый взгляд. С первого взгляда кажется, что корень «Екид-» и суффикс «-ин» указывают на происхождение от прозвища или имени Екида. Но в русском языке такого имени нет, а слово «екида» не встречается в словарях. Здесь и кроется главная загадка.

Скорее всего, фамилия образована от просторечной формы крестильного имени. В основе лежит имя Иоаким (в народном произношении — Аким, Яким). В некоторых говорах, особенно на юге России и в украинском влиянии, начальное «Я» могло перейти в «Е», а «м» на конце стянулось. Так из Яким получилось Еким, а затем — Екидин. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: сын Екиды, то есть сын человека по имени Еким (в бытовой форме Екида). Это типичная модель для русских фамилий от канонических имён, прошедших через народную переработку.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «екида» в значении «ехидный, язвительный человек». В некоторых говорах «екида» (или «ехида») — прозвище для придирчивого или сварливого человека. Однако эта гипотеза слабее: такая основа почти не встречается в других фамилиях, а имя Иоаким даёт более естественную и частотную словообразовательную цепочку.

Фамилия редкая, географически привязана в основном к южнорусским и украинским регионам, а также встречается у казачества. Её носители, вероятно, происходили из крестьян или мещан, а само имя Иоаким (в форме Аким) было очень распространено в XVI–XVIII веках. Таким образом, Екидин — это не прозвище по характеру, а «отчество» от имени, которое со временем изменилось до неузнаваемости в устной речи.