Фамилия Екинин на первый взгляд кажется простой, но её происхождение упирается в редкое и неочевидное слово. В основе лежит не имя Еким (как могло бы показаться), а диалектное прозвище. Суффикс -ин прямо указывает на принадлежность: «чей?» — Екинин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Екиня.

Ключ к разгадке — само слово «екиня» или «ёкиня». В русских говорах, особенно на севере и в Сибири, так называли брюзгу, ворчуна, капризного и недовольного человека. Человек мог получить такое прозвище за привычку постоянно ныть, жаловаться или выражать недовольство. Глагол «екить» (или «ёкать») в народной речи означал «ныть, плакаться, канючить». Таким образом, первый носитель прозвища Екиня был, скорее всего, человеком с тяжелым, ворчливым характером, которого окружающие запомнили по этой черте.

Встречается и другая, менее вероятная версия, связывающая фамилию с крестильным именем Иоаким (в просторечии Аким, Яким). В некоторых говорах имя Яким могло звучать как «Еким», а «Екиня» — его уменьшительная форма. Однако эта гипотеза слабее: при такой модели обычно возникали фамилии Екимов, Якимов, Екименко, а суффикс -ин характерен именно для прозвищ на -я. Прямых параллелей с каноническим именем у фамилии Екинин нет.

Фамилия редкая и географически привязана в основном к центральным и северным областям России — встречается в Вологодской, Кировской, Костромской областях. Встретить Екининых в южных регионах или в Сибири можно лишь как результат поздних переселений. Сословно фамилия почти наверняка крестьянская: прозвища, образованные от бытовых черт характера, редко встречались у дворянства или духовенства.

В написании фамилии важно не путать с похожей фамилией Екинин (через «ё») — на письме «ё» часто заменяют на «е», но произносительный вариант с ударением на первый слог (Екинин) более распространен. Если в документах встречается вариант «Ёкинин», это тот же корень, но с иным диалектным произношением.