Основой фамилии Екенин послужило имя Екеня. Фамилия Екенин образована от имени Екеня, которое является уменьшительной формой крестильных имен Евстигний, Викентий, Иннокентий. Имя Евстигний в переводе с греческого означает «благой родственник», по другой версии, оно переводится как «хороший знак». Имя Викентий имеет латинское происхождение и восходит к слову vincens — «побеждающий».Имя Иннокентий в переводе с греческого означает «невинный». Согласно другой версии, в основе фамилии Екенин лежит прозвище Екен, которое, предположительно, восходит к диалектному слову, бытовавшему у сибирских татар, «йегǝн» - «циновка, сплетенная из камыша». Соответственно, Екеном могли прозвать мастера, изготавливавшего такие циновки. Есть версия, что именование Екен является именем, образованным от той же основы. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Екеня, со временем получил фамилию Екенин.