Фамилия Екенин происходит от имени Екеня — уменьшительной формы сразу нескольких крестильных имён. Самое вероятное из них — Иннокентий (в переводе с греческого «невинный»), но возможны и другие: Евстигний («благой родственник» или «хороший знак») и латинское Викентий, восходящее к слову vincens — «побеждающий». В бытовой речи длинные церковные имена часто сокращали до простых и привычных форм, так что Екеня — типичный пример такого народного упрощения.

Однако у этой фамилии есть и другая, куда более редкая версия. Она связывает основу Екен не с греческими или латинскими корнями, а с диалектным словом сибирских татар «йегǝн» — циновка, сплетённая из камыша. Если эта гипотеза верна, то прозвище Екен мог получить мастер, изготавливавший такие циновки. Эта версия менее распространена, но именно она придаёт фамилии неожиданный региональный колорит и связь с ремеслом.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Екенин, то есть сын или потомок Екени. Такая модель образования — одна из самых распространённых в русской ономастике, но в данном случае интересна многозначность самой основы. Спор между «крестильным» и «диалектным» происхождением не решён однозначно, и обе версии имеют право на существование. Первая — массовая и привычная, вторая — редкая и локальная, но именно она может оказаться ключом к семейной истории, если предки происходили из Сибири или Поволжья.