Фамилия Екенина образована от прозвища Екена, которое восходит к казахскому слову «екен». Слово «екен» в казахской речи часто ставится после сказуемого, его не совсем точно можно перевести на русский язык как «оказывается». В казахском языке оно употребляется чаще, нежели слово «оказывается» в русском. Оно имеет много значений, одно из которых - передать некоторое удивление говорящего. Согласно этому, прозвище Екена мог получить часто удивлявшийся человек. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Екена, со временем получил фамилию Екенина. Основой фамилии Екенина послужило имя Екеня. Фамилия Екенина образована от имени Екеня, которое является уменьшительной формой крестильных имен Евстигний, Викентий, Иннокентий. Имя Евстигний в переводе с греческого означает «благой родственник», по другой версии, оно переводится как «хороший знак». Имя Викентий имеет латинское происхождение и восходит к слову vincens — «побеждающий».Имя Иннокентий в переводе с греческого означает «невинный». Согласно другой версии, в основе фамилии Екенина лежит прозвище Екен, которое, предположительно, восходит к диалектному слову, бытовавшему у сибирских татар, «йегǝн» - «циновка, сплетенная из камыша». Соответственно, Екеном могли прозвать мастера, изготавливавшего такие циновки. Есть версия, что именование Екен является именем, образованным от той же основы. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Екеня, со временем получил фамилию Екенин.