Фамилия Екенина — одна из тех, где за одним написанием скрывается несколько возможных историй. Разобраться, откуда она пошла, можно только приглядевшись к основе и суффиксу. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Екенина — «дочь (или жена) Екени», а Екенин — «сын Екени». Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Екеня или Екен.

Первая и самая прозрачная версия ведёт в тюркскую языковую среду, а именно в казахский язык. Слово «екен» — служебная частица, которая в речи стоит после сказуемого и передаёт оттенок удивления, неожиданности. На русский её можно перевести как «оказывается». Прозвище Екена могли дать человеку, который часто удивлялся, восклицал или сам становился причиной удивления. Такая модель образования прозвищ от служебных слов встречается в тюркских фамилиях, хотя и нечасто.

Вторая версия — церковная, она связывает фамилию с православными крестильными именами. Екеня — это уменьшительная форма сразу от нескольких имён: Евстигний (греч. «благой родственник» или «хороший знак»), Викентий (лат. vincens — «побеждающий») и Иннокентий (греч. «невинный»). В быту, особенно в крестьянской среде, длинные имена сокращали до коротких и привычных форм. Так Евстигний легко превращался в Екеню, а затем фамилия закреплялась за детьми.

Третья версия — самая редкая и локальная. Она опирается на диалектное слово сибирских татар «йегǝн» — «циновка, сплетённая из камыша». Если это так, то прозвище Екен мог получить мастер, который плёл такие циновки. Версия правдоподобна для тех регионов Сибири и Урала, где были распространены татарские говоры и ремёсла, связанные с камышом.

Какая из гипотез точнее — зависит от географии предков. Если корни семьи уходят в казахские степи или в тюркоязычную среду Поволжья, первая версия становится основной. Если же предки были русскими крестьянами из центральных или северных губерний, скорее всего, фамилия восходит к церковному имени. Татарский след с циновками — вариант для Сибири, но он менее распространён. В любом случае, фамилия Екенина — не случайный набор звуков, а метка, в которой сплелись язык, быт и вера.