Фамилия Еленина образована от женского крестильного имени Елена. В переводе с древнегреческого оно означает «светлая», «сияющая» — это прямой и самый очевидный путь происхождения. В отличие от фамилий, произведённых от мужских имён (Иванов, Петров), форма Еленина указывает на родство по матери или жене. В русской традиции так могли назвать внебрачного сына, ребёнка, воспитанного одной матерью, или человека, получившего фамилию по имени вдовы-хозяйки дома. Однако нередко фамилию давали просто по имени матери, если отец был малозначим или рано умер.

Модель на -ин типична для центральных и северных губерний России. Суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я: Елена → Еленин → Еленина. Мужской вариант фамилии — Еленин, женский — Еленина. Встречаются также однокоренные фамилии: Еленев, Еленкин, Еленский, но они образованы по другим словообразовательным схемам (с суффиксами -ев, -к-, -ск-).

Церковное имя Елена вошло в русский именослов с принятием христианства и было широко распространено во всех сословиях — от крестьянок до цариц. Поэтому носители фамилии Еленина могли быть как крестьянами, так и дворянами, и точное сословие предков определяется только по архивным документам конкретной ветви рода. Окончательно говорить о месте и времени возникновения рода Елениных можно лишь на основании генеалогических исследований — фамилия фиксируется в разных регионах, от Новгородчины до Сибири, и в каждом случае история своя.