Фамилия Епинин образована от имени Епиня — просторечной, «домашней» формы крестильного имени Епифан. Само имя восходит к греческому слову «epifanes», что значит «видный, известный, знатный». В православной традиции это имя связано с памятью святого Епифания Кипрского, жившего в IV веке. Получается, что в основе фамилии лежит не прозвище, не профессия и не географическое название, а личное имя, которое в быту сократили до короткой и удобной формы.

Модель образования здесь типичная для русских фамилий: к основе на -я (Епиня) добавили притяжательный суффикс -ин. Такая схема даёт буквальное значение «чей?» — сын Епини, потомок того, кого звали Епиней.

Интересно, что от того же полного имени Епифан возникло множество других фамилий, и многие из них гораздо более распространены: Епифанов, Епифанцев, Епишин, Епихин, Епин. На этом фоне Епинин — редкий вариант, сохранивший именно форму с суффиксом -ин и короткое имя в основе. Если Епифанов говорит о полном имени предка, то Епинин — о его уменьшительном, бытовом имени, которое могли использовать в деревне или в семье.

Поскольку фамилия редкая, в дореволюционных переписях и списках она встречается нечасто. Судя по географии современных носителей, Епинины рассеяны по центральной России и Поволжью, но нигде не образуют крупных гнёзд. Это дополнительно подтверждает, что фамилия возникла не в одном родовом центре, а в разных местах независимо — везде, где жил свой Епиня.

Социальный контекст тоже типичен для таких «патронимических» фамилий на -ин: они широко бытовали среди крестьян и мещан, реже — среди духовенства или дворянства. Епинин, скорее всего, указывает на крестьянское или посадское происхождение предка, без привязки к сословной верхушке.