Фамилия Епанин ведет свою историю от крестильного имени Епифаний, которое в переводе с греческого означает «Богом явленный». В основе фамилии лежит его народная, разговорная форма — Епаня. На Руси длинные и торжественные церковные имена часто сокращали в быту: Епифаний превращался в Епаню, как, например, Григорий — в Гришу, а Дмитрий — в Митю.

Такая словообразовательная модель — от прозвищной или уменьшительной формы имени с помощью суффикса -ин — типична для русских фамилий. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Епанин буквально означает «сын Епани» или «потомок Епани». По другой, менее распространенной версии, за основу могло взяться слово «епанча» (старинная верхняя одежда, род плаща), но эта гипотеза уступает первой по убедительности: прозвища по одежде встречаются, но имя Епаня исторически зафиксировано в документах чаще.

Интересно, что в церковной истории имя Епифаний носил святой IV века — епископ Саламина, который управлял Кипрской церковью 36 лет. Однако к фамилии Епанин это имеет лишь косвенное отношение: имя было популярным среди духовенства и мирян, поэтому предки носителя фамилии могли быть не только священниками, но и крестьянами, посадскими или служилыми людьми, получившими в обиходе имя Епаня. Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, где имя Епифаний было особенно распространено.

Таким образом, фамилия Епанин — это классический пример «отчества в чистом виде», застывшего в XIX веке, когда крестьянские фамилии окончательно закрепились за родами.