Фамилия Епанин — один из примеров того, как церковное имя в бытовой речи сокращалось до более простой и удобной формы, а затем закреплялось в родовом прозвании. В основе лежит имя Епаня — народный, разговорный вариант канонического имени Епифаний. С греческого Επιφάνιος переводится как «Богом явленный», «явленный свыше». В истории христианства это имя связано с Епифанием Кипрским — епископом Саламина, который управлял Кипрской церковью 36 лет и скончался в 403 году. Его почитают как отца Церкви и борца с ересями.

Модель образования фамилии проста и типична для русского ономастикона: к основе Епан- добавляется суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство: «чей?» — Епанин, то есть сын или потомок Епани. Такая схема (имя → краткая форма → фамилия на -ин) характерна для северных и центральных областей России, где фамилии формировались раньше и активнее, чем на юге.

Интересно, что имя Епифаний давало не только фамилию Епанин, но и целое гнездо однокоренных: Епанов, Епанчин, Епанчников. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» отмечается, что формы с усечением основы (Епаня вместо Епифаний) — обычное явление для русской народной традиции, где длинные греческие имена «обрубали» до двух-трёх слогов. Так же появились, например, Паня от Ипатий или Сеня от Арсений.

Точное время и место возникновения фамилии Епанин сегодня установить сложно: процесс закрепления фамилий шёл несколько столетий, и документальные свидетельства могли не сохраниться. Однако сама словообразовательная модель указывает, что фамилия сложилась не позднее XVII века, когда суффикс -ин активно использовался в среде крестьян и посадских людей. В дворянской среде такие фамилии тоже встречались, но реже — там чаще использовали -ов/-ев.

Несмотря на кажущуюся простоту, фамилия Епанин — ценный памятник живой русской речи, сохранивший ту форму имени, которую употребляли в повседневном общении, а не в церковных записях.