Основой фамилии Епанина послужило церковное имя Епифаний. Имя Епаня представляет собой производную форму имени Епифаний. Оно в переводе с греческого языка означает «Богом явленный». В 367 году он был назначен епископом Саламина и управлял Кипрской церковью 36 лет. Скорее всего, основатель рода Епаниных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Епаня, со временем получил фамилию Епанин.