Фамилия Епанина, как и большинство русских фамилий на -ин, образована от личного имени или прозвища. В основе лежит имя Епаня — уменьшительная или обиходная форма церковного имени Епифаний. Имя Епифаний пришло на Русь из Византии вместе с христианством и в переводе с греческого означает «Богом явленный» или «явленный свыше». Наиболее известный носитель этого имени — святой Епифаний Кипрский, который в 367 году стал епископом Саламина и управлял Кипрской церковью 36 лет, оставив след в истории как борец с ересями.

Фамилия Епанина — женская форма; мужской вариант — Епанин. Модель образования проста: к основе Епан- добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин, который указывает на родство: «чей?» — Епанин, то есть сын, потомок или человек из семьи Епани. В быту имя Епаня могло звучать как ласковое обращение к Епифану, и со временем это прозвище закрепилось за его детьми.

Скорее всего, основатель рода Епаниных был человеком из простого сословия. В крестьянской и мещанской среде фамилии на -ин распространялись особенно широко, так как они прямо отвечали на вопрос «чей ты будешь?» и не требовали сложной документации. К тому же имя Епифаний в народе часто сокращали до Епаня, Епан, Епа, что дало жизнь целому гнезду родственных фамилий: Епанов, Епанчин, Епанчников.

Интересная деталь: фамилия Епанина встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в бывших владениях Новгорода и в Вятской губернии. Это косвенно подтверждает, что имя Епифаний было популярно именно в среде свободных крестьян и посадских людей, а не только в духовенстве. Так что носители фамилии Епанина могут с уверенностью связывать свою родословную с человеком, которого в семье называли простым и тёплым именем Епаня.