Фамилия Епинин — один из примеров того, как в русской традиции уменьшительное имя становилось основой для родового прозвища. В её основе лежит имя Епиня, которое, в свою очередь, является производной формой канонического мужского имени Епифан. Греческое «epifanes» переводится как «видный», «знатный» или «известный» — так в античности называли богов, являвших себя людям, а позже и святых.

Модель образования здесь прозрачна и типична для восточнославянской ономастики. Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Епинин, то есть сын или потомок Епини. Такие фамилии чаще всего возникали в среде простых людей, где вместо полного церковного имени в быту использовали его сокращённый или ласкательный вариант. Если бы в основе лежало полное имя Епифан, мы бы получили фамилию Епифанов — но народная речь предпочла более короткую форму.

Редкость фамилии Епинин объясняется тем, что имя Епифан и его производные не были столь же распространены, как, скажем, Иваны или Петры. В святцах оно встречается, но массовой популярности не получило, поэтому и фамилий на его основе образовалось сравнительно немного. О точном месте и времени возникновения фамилии сегодня говорить сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и документальные свидетельства по таким редким случаям часто утрачены. Однако сама словообразовательная модель надёжно указывает на её древнее происхождение: скорее всего, фамилия сложилась не позднее XVII века, когда суффикс -ин уже активно закрепился в качестве патронимического.

Примечательно, что фамилия Епинин существует и в мужском, и в женском варианте (Епинина), но в разговорной речи иногда встречается форма Епинины как обозначение всего рода. Это один из тех случаев, когда семейное прозвище сохранило живую народную этимологию, почти не затронутую книжной традицией.