Фамилия Епенины — редкий пример того, как церковное имя превратилось в прозвище, а затем закрепилось в родовом имени. В основе лежит краткая форма имени апостола Епенет (I век н. э.): в народной среде длинное греческое имя сократили до простого и удобного — Епен. Словообразовательная модель здесь типична для русских фамилий: к основе на «н» прибавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Епенин, то есть сын Епена).

Интересно, что имя Епенет в переводе с греческого означает «похвальный» или «достойный похвалы». В православных святцах апостол Епенет упоминается как один из семидесяти учеников Христа, епископ Карфагена. Но в быту это имя почти не употреблялось — оно оставалось редким, книжным. Поэтому мирское имя Епен могло возникнуть не столько от прямого именования в честь святого, сколько от прозвища, данного человеку за какие-то заслуги или особенности характера.

Фамилия Епенины относится к распространённому типу русских фамилий, образованных от имён собственных. Однако её основа необычна: в отличие от частых Ивановых или Петровых, Епенины встречаются редко. География бытования фамилии узкая, и о точном месте её возникновения говорить сложно — процесс формирования фамилий в разных регионах России шёл несколько столетий, с XV по XIX век.

С точки зрения словообразования, фамилия Епенин стоит в одном ряду с такими же краткими формами редких крестильных имён: Федин (от Феодот), Ерёмин (от Еремей), Минин (от Мина). Но если те фамилии более узнаваемы, то Епенины — настоящий памятник славянской письменности и культуры, сохранивший имя, почти исчезнувшее из обихода.