Фамилия Епенин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Епенин послужило мирское имя Епен. Фамилия Епенин восходит к имени апостола Епенет (1 век н.э.), а точнее к его краткой форме — Епен. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Епен, со временем получил фамилию Епенин. О точном месте и времени возникновения фамилии Епенин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Епенин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.