Основой фамилии Еперины послужило имя Еперя. Скорее всего, Еперя — просторечный вариант редких греческих имен Епафрас и Епафродит («посвященный Афродите, греческой богине любви», иносказательно – «прелестный»), Епенет («похвальный»), Епимах («помогающий в сражении») и некоторых других. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Еперя, со временем получил фамилию Еперин.