Фамилия Еперины образована от просторечного имени Еперя, которое, в свою очередь, восходит к редким греческим именам. Среди возможных источников — Епафрас и Епафродит (в переводе «посвященный Афродите», то есть «прелестный»), Епенет («похвальный») или Епимах («помогающий в сражении»). В обиходе такие длинные имена часто сокращали до более простых и привычных форм, так и появилось имя Еперя.

По словообразовательной модели фамилия относится к типичному для русского севера и центра типу на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Еперин буквально означает «сын Епери» или «из семьи Епери». Это одна из самых распространенных моделей русских фамилий, но основа здесь нечастая, что делает фамилию сравнительно редкой.

В отличие от фамилий, образованных от прозвищ по профессии или внешности, Еперины ведут родословную от личного имени. Это значит, что основатель рода, скорее всего, был крещен под одним из указанных греческих имен, а в быту звался Еперей. Фамилия закрепилась за его потомками, и со временем утратила прямую связь с исходным значением имени — «прелестный» или «похвальный».

Стоит учесть, что в русской ономастике встречаются и другие фамилии с похожим звучанием, например, Епирины или Епифановы, но Еперины стоят особняком благодаря своему корню. Географически фамилия могла бытовать в регионах, где сохранялись архаичные формы имен — возможно, в северных или центральных губерниях, но точных данных о распространении нет.

Таким образом, фамилия Еперины — это память о далеком предке, носившем редкое греческое имя, которое в быту сократили до имени Еперя, а затем превратили в фамилию по стандартной русской модели.