Фамилия Еперин — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Её основа, «Епер-», не встречается в крестильных святцах и не имеет очевидных параллелей в древнерусских именах. Скорее всего, перед нами прозвищная фамилия, образованная от диалектного или профессионального слова.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Еперин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Епера. Само слово «епера» в русских говорах могло означать насмешливое или ироничное прозвище. В некоторых диалектах «еперить» — значит суетиться, делать что-то неловко, торопливо. Отсюда Еперой могли назвать непоседливого, суетливого человека или того, кто постоянно куда-то спешит и создаёт суматоху.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с географическим названием. В России существуют топонимы вроде речки Епера или урочища Еперино, но они крайне редки и не зафиксированы в крупных справочниках. Если такой населённый пункт существовал, то прозвище могло закрепиться за выходцем оттуда: «Еперин» — «из Епери».

В ономастической литературе фамилия Еперин не упоминается в классических словарях (Унбегаун, Никонов), что подтверждает её локальный характер. Скорее всего, она возникла в одном из северных или центральных регионов России, где бытовали соответствующие говоры. Носители фамилии сегодня встречаются разрозненно, без ярко выраженного «гнезда».

Таким образом, предок современных Епериных с высокой долей вероятности получил прозвище Епера за свой характер или манеру поведения — за суетливость, непоседливость или торопливость. Фамилия сохранила эту бытовую характеристику, став семейным именем.